from codino.data import FreqTable
[docs]class CodonTable(FreqTable):
def __init__(self) -> None:
"""CodonTable class for storing codon frequencies.
Stores the frequency of each of the possible 64 codons.
"""
codon_freq = {
'AAA': 0.00,
'AAC': 0.00,
'AAG': 0.00,
'AAT': 0.00,
'ACA': 0.00,
'ACC': 0.00,
'ACG': 0.00,
'ACT': 0.00,
'AGA': 0.00,
'AGC': 0.00,
'AGG': 0.00,
'AGT': 0.00,
'ATA': 0.00,
'ATC': 0.00,
'ATG': 0.00,
'ATT': 0.00,
'CAA': 0.00,
'CAC': 0.00,
'CAG': 0.00,
'CAT': 0.00,
'CCA': 0.00,
'CCC': 0.00,
'CCG': 0.00,
'CCT': 0.00,
'CGA': 0.00,
'CGC': 0.00,
'CGG': 0.00,
'CGT': 0.00,
'CTA': 0.00,
'CTC': 0.00,
'CTG': 0.00,
'CTT': 0.00,
'GAA': 0.00,
'GAC': 0.00,
'GAG': 0.00,
'GAT': 0.00,
'GCA': 0.00,
'GCC': 0.00,
'GCG': 0.00,
'GCT': 0.00,
'GGA': 0.00,
'GGC': 0.00,
'GGG': 0.00,
'GGT': 0.00,
'GTA': 0.00,
'GTC': 0.00,
'GTG': 0.00,
'GTT': 0.00,
'TAA': 0.00,
'TAC': 0.00,
'TAG': 0.00,
'TAT': 0.00,
'TCA': 0.00,
'TCC': 0.00,
'TCG': 0.00,
'TCT': 0.00,
'TGA': 0.00,
'TGC': 0.00,
'TGG': 0.00,
'TGT': 0.00,
'TTA': 0.00,
'TTC': 0.00,
'TTG': 0.00,
'TTT': 0.00
}
super().__init__(codon_freq)